Глагол be able ставим в Past Perfect (had not been able), так как он выражает невозможность действия в прошлом, предшествовавшую знанию. Глагол decide ставим в Past Perfect, так как действие (решил помочь) произошло до момента знания.
We knew that he had not been able to make his work in time and had decided to help him.