В данном предложении необходимо определить, какое время использовать: Past Simple или Past Continuous. Поскольку есть указание на момент, когда отец пришел (when their father came), и действие (они делали домашнее задание) происходило в этот момент, используем Past Continuous для действия, которое было в процессе, и Past Simple для завершенного действия.
Предложение: They were doing their homework when their father came.
Ответ: were doing, came