Why are you crying? Are you sad?
Почему ты плачешь? Тебе грустно?
Здесь необходимо использовать Present Continuous, так как спрашивается о действии, которое происходит в данный момент. В вопросительной форме глагол "to be" (are) ставится перед подлежащим, и к основному глаголу добавляется окончание -ing.