Применим протокол Е. Необходимо выбрать грамматическую форму для построения вопросительного предложения.
Поскольку в предложении использовано слово "usually", можно сделать вывод, что подразумевается Present Simple (настоящее простое время).
Для образования вопросительной формы в Present Simple используется вспомогательный глагол "do" для местоимения "you".
Правильный вариант: Where do you usually put your books?
Следовательно, необходимо добавить слово "do" между "Where" и "you".
Правильное предложение: Where do you usually put your books?
Ответ: Where do you usually put your books?