Для того чтобы правильно составить вопрос, необходимо определить, какое существительное исчисляемое или неисчисляемое. Если существительное неисчисляемое, то используем How much, если исчисляемое, то How many. Существительное pencils (карандаши) - исчисляемое, поэтому вопрос будет начинаться с How many.
Ответ: How many pencils are there on the desk?