В данном предложении пропущено абсолютное притяжательное местоимение, которое указывает на принадлежность карандаша. Из второй части предложения "but it has your name on it" следует, что карандаш принадлежит собеседнику.
I thought this pencil was yours, but it has your name on it.
Ответ: yours