В предложении "Глаза его были не глупые и имели подвижность подозрительности" слово "глупые" является прилагательным, которое имеет синоним "умные". Частица "не" с такими прилагательными пишется раздельно, если есть противопоставление или усиление. В данном случае, "не глупые" противопоставляется "умные", поэтому пишем раздельно.