Слово «урод» исторически восходит к слову «род». Приставка «у-» в данном случае имеет значение «вне» или «около». То есть, «урод» - это тот, кто находится вне нормального рода, отличается от общепринятых стандартов.
Я так думаю, потому что в древности отклонения от нормы воспринимались как нечто негативное. В слове «урожай» приставка «у-» имеет значение «собирать» или «получать». Таким образом, значение приставки в словах «урод» и «урожай» разное.
В польском языке слово «uroda» могло приобрести значение «красота» из-за смягчения негативного значения, связанного с отклонением от нормы. Возможно, в польской культуре индивидуальность и уникальность стали восприниматься как привлекательные черты.