Вопросительное предложение "Where _____ going?" требует вспомогательного глагола перед подлежащим "you". Поскольку "going" является причастием настоящего времени (Participle I), то для образования вопроса в Present Continuous используется вспомогательный глагол "are".
are you — правильная форма вопроса в Present Continuous.
Ответ: are you