Подлежащее 'Many species' (многие виды) не сами подвергают опасности другие виды, а сами находятся под угрозой из-за загрязнения. То есть, они 'были подвергнуты опасности'. Нужен пассивный залог в Present Perfect.
have been endangered — пассивный залог (страдательный вид) в Present Perfect.
Ответ: have been endangered