3. Может ли потенциальная энергия быть отрицательной?

Да. Потенциальная энергия зависит от выбора нулевого уровня. Например, если нулевой уровень гравитационной потенциальной энергии выбран выше тела, то его потенциальная энергия будет отрицательной.

Ответ: может.