Рассмотрим каждое предложение:
- В открытое окно поезда пахло дождём и (КАК)БУДТО грибами, а (В)ДАЛИ равнины уже мелькали печальные огни станции. "Как будто" пишется раздельно, "вдали" - раздельно. Подходит
- И (ТОТ)ЧАС же хлынул дождь, да такой проливной, какой (ЗА)ЧАСТУЮ бывает только в тропических лесах. "Тотчас" пишется слитно, "зачастую" - слитно. Не подходит
- Мне было горько (ПО)ТОМУ, что я не хотел обидеть Машу, тоже готовившую сообщение (ПО)ЭТОМУ вопросу. "Потому" - слитно, "поэтому" - слитно. Не подходит
- Качели взлетели высоко (В)ВЕРХ, (КАК)БУДТО выше верхушек вишен. "Вверх" - слитно, "как будто" - раздельно. Не подходит
- (В)НАЧАЛЕ прошлого века (ОТ)ТОГО дома был прорыт подземный тоннель к пруду. "В начале" - раздельно, "от того" - раздельно. Подходит
Ответ: 1, 5