При большом увеличении можно увидеть, что клетки спирогиры имеют цилиндрическую форму и соединены в длинные нити. Внутри каждой клетки видны спирально расположенные хлоропласты (хроматофоры), ядро и цитоплазма. При малом увеличении нити спирогиры выглядят как зеленые волокна, образующие массу.