В предложении «Плывут корабли» слово «плывут» употреблено в прямом значении, так как корабли действительно передвигаются по воде.
В предложении «Плывут облака» слово «плывут» употреблено в переносном значении. Облака не плывут в прямом смысле, а медленно передвигаются по небу, как будто плывут по воде.