В первом предложении ('Mary (see)') речь идет о том, что Мэри видит Питера, это действие в данный момент, поэтому Present Continuous. Вопрос 'What bus you... (wait) for?' также относится к действию, происходящему сейчас, Present Continuous. Ответ 'I... (wait)' тоже относится к текущему действию, Present Continuous.
Ответ: is seeing ... are you waiting ... am waiting