Это косвенный вопрос. В косвенной речи порядок слов в придаточном предложении меняется: после вопросительного слова идет подлежащее, а затем сказуемое. Глагол должен стоять в прошедшем времени, так как действие происходило в прошлом (Suzan asked). Следовательно, правильный вариант - "he came".
Suzan asked her new classmate where he came from.
He came - в косвенном вопросе используется прямой порядок слов (подлежащее + сказуемое) и глагол в прошедшем времени, так как действие уже произошло.