В данном предложении используется конструкция 'be going to' для выражения будущего действия, которое является предсказанием на основе текущих признаков. Так как подлежащее 'It' (оно) — единственного числа, нам нужен глагол 'is'.
'It is going to rain soon.' — это означает, что скоро пойдёт дождь.