Калининградская область — это эксклав России, отделённый от основной территории страны. Поезд, следующий из Калининграда в Москву, должен проехать через территорию других государств. Условие указывает, что маршрут проходит через две страны, и в качестве остановок названы Вильнюс и Минск. Вильнюс является столицей Литвы, а Минск — столицей Беларуси. Следовательно, поезд проходит через Литву и Беларусь.
Ответ: Литвы