Решение:
1. Сначала Лена взяла 3 карандаша, значит, в коробке осталось:
$$12 - 3 = 9$$
В коробке осталось 9 карандашей.
2. Затем Лена взяла ещё 2 карандаша, значит, в коробке осталось:
$$9 - 2 = 7$$
В коробке осталось 7 карандашей.
Ответ: 7 карандашей осталось в коробке.