В 3 маленьких коробках: \(3 \cdot 3 = 9\) карандашей.
В 6 больших коробках: \(9 \cdot 4 = 36\) карандашей.
В одной большой коробке: \(36 : 6 = 6\) карандашей.
Ответ: 6 карандашей.