Целый ряд проблем возникает при использовании в растениеводстве химических веществ. Химические вещества, используемые для борьбы с вредителями, с одной стороны спасают значительную часть урожая. Но одновременно они уничтожают полезную почвенную фауну и обладают свойством накапливаться в почвенном слое. Применение минеральных удобрений способствует росту плодородия почв и урожайности сельскохозяйственных культур. Но они, смываясь с полей дождевыми и талыми водами, приводят к химическому загрязнению водоемов.