Для правильного выбора глагольной формы необходимо учесть время событий. Действие «приход на вокзал» произошло в прошлом. Перед этим событием поезд уже ушёл. Это указывает на использование Past Perfect (предпрошедшего времени). В этом времени используется форма had + причастие прошедшего времени.
Среди предложенных вариантов, had left наиболее точно соответствует структуре Past Perfect.
Таким образом, предложение будет звучать: «The train to St. Petersburg had left when I came to the railway station».
Ответ: had left