Мальчики не работают/не работают/не работали над своим проектом сейчас.
Правильный вариант: **aren't** (не работают). В предложении подразумевается, что мальчики сейчас не работают над проектом. А глагол "working" указывает на Continuous форму глагола, поэтому нужен вспомогательный глагол "are"
Перевод: Мальчики сейчас не работают над своим проектом.