Президент Российской Федерации осуществляет руководство федеральным органом исполнительной власти, а именно, министерством __________ Российской Федерации.

Для ответа на вопрос необходимо знать структуру органов исполнительной власти в Российской Федерации.

Президент Российской Федерации осуществляет руководство Правительством Российской Федерации, которое, в свою очередь, руководит министерствами и другими федеральными органами исполнительной власти.

В данном контексте пропущено слово, обозначающее тип руководства министерством.

Президент Российской Федерации осуществляет руководство федеральным органом исполнительной власти, а именно, министерством, входящим в структуру Правительства Российской Федерации.

Ответ: Правительством