Ответ:

Правильный вариант: эксплуатирующая организация.

Именно эксплуатирующая организация устанавливает и обеспечивает соблюдение полного перечня контролируемых показателей качества исходной воды в соответствии с проектной и эксплуатационной документацией.

Ответ: Эксплуатирующая организация.