Правильные варианты: 1) пропорционально отработанному в рабочем периоде времени и 2) без учета отработанного времени.
Вариант 3 неверен: премия должна рассчитываться в соответствии с положением о премировании, а не по личной просьбе руководителя.
Ответ: 1, 2.