Согласно статье 17 Конвенции ООН по морскому праву 1982 года, подводные лодки при прохождении через территориальное море должны следовать подводным путем. Это означает, что движение по поверхности с поднятым флагом не является формой мирного прохода для подводных лодок.
Кроме того, в соответствии с частью 2 статьи 15 Водного кодекса Российской Федерации, иностранные военные корабли должны проходить через территориальное море Российской Федерации в соответствии с международным правом, в частности, следуя подводным путем.
Движение подводной лодки по поверхности с поднятым флагом подпадает под определение военных действий, а не мирного прохода.
Следовательно, действия иностранной военной подводной лодки, описанные в вопросе, нарушают законодательство Российской Федерации.
Ответ: Да, подводные лодки при прохождении через территориальное море Российской Федерации во время движения не должны следовать по поверхности.