3) In the nineteentn century, the chemical structure of benzene was still a big mystery to scientists,......................................................................................?

Для образования tag-question необходимо добавить краткий вопрос, который состоит из вспомогательного глагола и местоимения, относящегося к подлежащему. Если утверждение положительное, то краткий вопрос должен быть отрицательным, и наоборот.

В данном предложении используется глагол "was". Подлежащее выражено существительным "the chemical structure of benzene".

Местоимение "the chemical structure of benzene" можно заменить на местоимение "it", потому что это единственное число, неодушевлённый предмет.

Следовательно, краткий вопрос будет "wasn't it?"

3) In the nineteenth century, the chemical structure of benzene was still a big mystery to scientists, wasn't it?

Ответ: wasn't it?