Правильный вариант: had been waiting.
Полное предложение: He told me he had been waiting for half an hour before he left.
Перевод: «Он сказал мне, что ждал в течение получаса, прежде чем ушёл». Past Perfect Continuous употребляется для обозначения длительного действия, которое продолжалось до другого действия в прошлом.