Говоря о том, как строились отношения России с другими странами СНГ к концу 1990-х гг., можно отметить, что в этот период …

Правильный вариант: имело место несогласие РФ сотрудничать с этими странами в силу ситуации необходимости ликвидации их внутренних конфликтов.

Отношения России со странами СНГ в этот период были неоднозначными: наряду с сотрудничеством возникали разногласия, связанные с внутренними конфликтами и различиями в политических интересах.