Правильный вариант: часть бюллетеней, которые не поместились в сейф-пакет, остается в переносном ящике для голосования до начала непосредственного подсчета голосов избирателей.
Это обеспечивает сохранность бюллетеней и исключает их смешивание или утрату до подсчёта.
Ответ: часть бюллетеней остается в переносном ящике для голосования до начала непосредственного подсчёта голосов.