Палеонтологические:
- окаменелая раковина моллюска;
- обнаружение отпечатка листа древовидного папоротника.
Эмбриологические:
- наличие жаберных щелей у зародышей рыб и пресмыкающихся на ранних стадиях развития;
- сходство зародышей земноводных и млекопитающих на ранних стадиях развития.
Сравнительно-анатомические:
- рудименты задних конечностей у китов и дельфинов;
- единый план строения позвоночных.