A. Maria's project is __________ 1) under the books; 2) near the clock; 3) under the clock

Тут, похоже, пропущен контекст. Без дополнительной информации невозможно выбрать правильный ответ. Все три варианта звучат грамматически верно, но ни один из них не является очевидно лучшим, чем другие. Нужно знать, о чем проект Марии, чтобы дать осмысленный ответ. Выбираем наиболее подходящий вариант из предложенных: Maria's project is near the clock.