Это задание проверяет знание времён английского глагола. Для правильного выбора нужно определить, какое действие произошло раньше.
Фраза «When we arrived» (Когда мы прибыли) указывает на прошедшее время. Действие, которое произошло до этого момента (поезд отправился), должно быть выражено в Past Perfect.
В варианте «had already left» используется Past Perfect, что соответствует логике и грамматике.
Ответ: had already left