Главное отличие голосеменных от покрытосеменных заключается в том, что у голосеменных семена лежат открыто на чешуйках шишек или на поверхности семяносец, а не заключены в плод. Покрытосеменные имеют семена, заключенные внутри плода. Шишки и листья есть у обоих групп, а плоды — только у покрытосеменных.